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이동 중 엔터프라이즈는 스타베이스 6에서 인트레피드라는 단어만이 확인 가능한
메시지를 전송 받는다.
벌컨의 함선 이름인 인트레피드라는 단어를 두고 대원들이 궁금함을 느끼는 가운데
스팍은 갑자기 극심한 두통을 느낀다.
그는 인트레피드호가 파괴되었다며 승무원 400여명 모두가 사망했다고 말한다.
맥코이는 그를 의료실로 데려가려 하지만 스팍은 자신은 온전하다며 거절한다.
하지만 커크의 명령에 결국 의료실로 향한다.

우후라는 스타이베이스6와 연결되었다고 커크에게 보고한다.
커크는 스타베이스 6으로부터 인트레피드호가 파괴되었다는 소식과 함께
J36구역으로 이동하라는 명령을 받는다.
잠시 후 체콥은 감마 7A구역이 모두 멸망한 것으로 보인다고 보고한다.
커크는 수 조에 달하는 거주민이 있는 곳이라며 믿을 수 없다는 반응을 보인다.

맥코이의 진단결과 스팍은 온전한 상태로 진단된다.
스팍은 인트레피드호의 파괴를 어떻게 알았느냐는 맥코이의 질문에
400명의 승무원들의 정신적  비명을 느꼈다며 벌컨이 가진 능력이라고 말한다.
그리고 무언가 물리적으로 문제가 있었을 거라며 자신은 인트레피드호에
아는 승무원도 없고 접촉한 일도 없다고 말한다.

그리고 맥코이에게 수백명의 죽음보다 한명의 죽음이 이해가 쉬운 것이냐며
인간의 그릇이 작은 것 같다고 말한다.

스팍은 함교에 복귀한다.
잠시 후 엔터프라이즈는 우주 한가운데 별이 보이지 않는 뚫린 공간을 발견한다.
자신들이 지나가야 할 위치에 자리한 공간을 보며 모두가 정체를 궁금해 하는 가운데
커크는 감속하고 계속 진행하라고 명령한다.
그리고 탐사로켓을 발사하지만 탐사로켓은 통신이 두절된다.

일순간 대원들이 어지러움을 느끼고 맥코이는 엔터프라이즈 대원들 절반이
졸도를 경험했다며 무슨 일인지 묻는다.

스팍은 암흑 공간에 대해 정보가 불충분하다며 자신들의 센서로는
파악이 불가능하다고 보고한다.
커크는 스타플릿에 암흑 공간을 탐사할 예정이라고 알리고 적색 경보를 발령한다.
그리고 방어막을 최대로 올리고 페이저를 준비시킨다.
하지만 잠시 후 대원들은 음파로 인한 극심한 두통을 느끼고 일순간
화면을 통해 별이 사라졌음을 알게된다.
스팍은 모든 시스템이 정상이라며 자신들이 암흑의 영역에 들어선 것 같다고 보고한다.

커크는 전 대원에게 상황을 알리고 각자의 임무에 충실할 것을 명령한다.
맥코이는 에너지 표시기에 의하면 함선 안의 모든 이들이 죽어가고 있다고 말한다.

스캇은 12%의 동력이 손실되었으며 계속 진행 중이라고 보고한다.
스팍은 무언가에 함선이 끌려가고 있다며 역추진 보다는 전진을 권유하고 커크도 이에 동의한다.
엔터프라이즈는 모든 동력을 추진으로 돌려 탈출을 시도한다.
하지만 함선은 크게 요동치고 탈출에 실패한다.
스캇은 남은 동력은 두 시간 분량밖에 되지 않는다고 보고한다.

화면에 붉은 색의 무언가가 정체를 드러내고 엔터프라이즈는 탐사로켓을 발사한다.
스팍은 전방의 물체가 동력누출의 명백한 원인이라고 보고한다.
탐사로켓이 보내온 자료를 토대로 길이 17,700km
너비 4800km의 물체이며 표면은 우주의 파편과 쓰레기로 뒤덮여 있지만 내부는
살아있는 생명체임이 밝혀진다.
그리고 그것이 엔터프라이즈를 끌어 당기고 있음을 알게된다.
맥코이는 분석결과 거대한 단세포 덩어리의 아메바 같은 생명체임을 알게된다.
스팍은 그것이 은하계에 침투한 일종의 바이러스 같다고 말하고 맥코이는
셔틀을 보내서 약점을 찾자고 제안한다.
하지만 스팍은 돌아올 방법이 없다며 자살 임무나 마찬가지라고 반대하고 커크도
자신은 그런 명령을 내릴 수는 없다고 말한다.
맥코이는 자신이 지원하겠다고 나선다.
하지만 스팍은 그에게 순교 컴플렉스가 있다며 자격이 되지 않는다고 말한다.

동력이 한 시간 반 분량밖에 남지 않은 가운데 커크는 고민을 거듭하고 결국
스팍이 적임자라며 그를 보내기로 결정한다.
스팍은 셔틀로 향하고 맥코이는 그에게 행운을 빌어준다.

셔틀을 이용해 괴 생명체에 접근하면서 스팍은 염색체 구조를 확인하고 그것이 곧
번식할 것임을 알게된다.
곧이어 통신이 두절되고 엔터프라이즈는 원격 계측 자료만을 수신한다.

커크는 괴 생명체가 자라난다면 오히려 자신들이 바이러스가 되는 꼴이라고 말하고
맥코이는 그런게 운명이라면 아이러니라며 그것들이 항체를 만들 거라고 말한다.
커크는 항체라는 말에 주목하며 방법을 모색한다.
그는 스캇에게 임펄스 동력만 남겨두고 모두 방어막으로 전환하도록 명령하고
전 갑판에 직접 괴생명체 속으로 진입할 것임을 알린다.

강한 충격으로 요동치는 가운데 엔터프라이즈는 생명체 속으로 침입하는데 성공한다.
그리고 음성 에너지가 가득한 그곳에서 반물질 폭발을 일으킬 계획을 세운다.

스팍은 엔터프라이즈에 항로를 전송하고 엔터프라이즈가 최고의
함선이었다는 메시지를 남긴다.
엔터프라이즈는 생명체의 염색체에 도달하고 커크도 최후가 될지 모를 메시지를 남긴다.

뇌관을 7분으로 설정한 뒤 탐사로켓을 세포핵 속으로 발사한 후 엔터프라이즈는
전 속력으로 탈출을 시도하고 도중에 셔틀을 발견해 견인한다.
스팍은 함선이 우선이라며 견인광선을 사용하지 말라고 요청하지만 맥코이는
그를 남겨둘 수 없다고 소리친다.

폭발로 인한 충격으로 엔터프라이즈는 심하게 요동치지만 잠시 후 스크린에 별이 나타난다.
체콥은 유기체가 완전히 파괴되었다고 보고하고 스팍이 탑승한 셔틀도 무사히 회수된다.
커크는 스타베이스 6로 이동하라고 명령한다.

*
미지의 단세포 생명체로 인한 위기를 묘사했다.
암흑의 공간과 거대 단세포 생명체의 출현이 긴장감을 더한다.

*
수백의 죽음을 두고 스팍은 맥코이에게 한사람의 죽음이 더
이해하기 쉬운 것이냐며 인간의 그릇이 작다며 피로 얼룩진
지구의 역사를 언급했다.

*
벌컨은 정복당한 역사가 없다.

Director: Joseph Pevney
Writers: Gene Roddenberry (creator), Robert Sabaroff

  William Shatner : Captain James T. Kirk 
  Leonard Nimoy : Mr. Spock 
  DeForest Kelley : Dr. McCoy 
  James Doohan : Scott 
  Nichelle Nichols : Uhura 
  Walter Koenig : Chekov 
  John Winston : Lt. Kyle 
  Majel Barrett : Nurse Christine Chapel